Historia principal
Cascada
En la estancia con la cascada, cruza el puente y sube por la escalera de la derecha. Trepa por la cornisa hasta colarte por el ventanal.
En el balcón, salta a la cadena y balancéate para llegar a la plataforma de enfrente. Baja por la escalera del lado opuesto hasta la zona con hierba. Al fondo encontrarás una caja que debes empujar entre las columnas hasta hacerla caer en el hueco embaldosado, donde hay un elevador.
Usa el elevador, activa la palanca que hay en el extremo derecho de este balcón y entra en el edificio a recoger a Yorda. Llévala hasta el elevador y hazlo bajar. Ahora podréis usar la caja que has tirado para alcanzar la zona con hierba y subir por la escalerilla de la columna.
Ve por la escalera del fondo y ponte sobre la baldosa para abrir la puerta por la que hay que continuar.
Cruza el puente y adéntrate en el edificio de enfrente. Baja las escaleras y sube por la escalerilla del lado derecho. Cuélgate de la tubería y desplázate hacia la izquierda (en el tramo roto, simplemente sigue avanzando para que Ico se coja a la de abajo). Déjate caer a la plataforma y ve por la siguiente tubería hasta llegar a una palanca. Acciónala y baja por la escalerilla.
Dirígete al mecanismo que has activado, donde una viga de madera sube y baja a intervalos regulares. Sitúate sobre ella y mantén pulsado 
justo en el momento en que la viga coge impulso hacia abajo para luego catapultarte hacia arriba.
Si te sale bien, quedarás cogido de un saliente en la pared. Trepa hasta arriba y baja por las escaleras que dan al exterior. Tras las escaleras de piedra hay una palanca, con la cual abrirás la puerta y Yorda podrá llegar hasta ti.
Garrote con pinchos
Para conseguir esta arma secreta del juego, la cual desbloquea también un trofeo, tienes que hacer lo siguiente:
Golpea el árbol que hay junto a la palanca y caerá una pelota. Coge la pelota, ve por la puerta que has abierto para Yorda con la palanca y fíjate en la pared entre las dos escaleras. El muro de en medio es de un color distinto y, de hecho, se puede empujar con 
para revelar una habitación secreta.
Llama a Yorda para que se sitúe sobre la plataforma circular. Al activarla, ascenderá una cesta al fondo de la habitación. Sitúate a un lado y lanza la pelota dentro. Cuando la aciertes, el garrote con pinchos llegará volando por la ventana.
Puedes echarle un vistazo a este vídeo para ver cómo se hace:
(El trofeo puede tardar un poco en saltar, así que sigue jugando normal y ya saldrá.)
Regresa al jardín y empuja la caja hasta hacerla caer en la corriente de agua. Esto te servirá para más adelante.
Súbete al conducto que llega desde el edificio al molino de agua y salta en el momento justo, de manera que Ico se coja a la parte con barrotes.
Trepa rápidamente y encárate hacia la pared a la vez que te mueves ligeramente a la derecha, pues ahora tendrás que saltar hacia la barra metálica. Este movimiento es algo complicado, así que puede llevarte varios intentos. Si caes al agua, pégate al borde para subir automáticamente.
Sube por la barra hasta arriba y empuja uno de los agarraderos del mecanismo haciéndolo girar en sentido contrario a las agujas del reloj. Hazlo hasta que se active una escena.
Baja de aquí, llama a Yorda y sigue el conducto por el que iba el agua. Déjate caer por la abertura. Baja por la rampa, salta por encima de la barandilla y cruza el puente. Usa el banco para guardar partida.
Desciende al piso inferior por las escaleras de la derecha y déjate caer donde antes se formaba el lago con el agua que caía de la cascada. Llegarán algunas sombras, con las cuales podrás estrenar tu garrote con pinchos y darte cuenta de que ahora las vences mucho más rápido.
Empuja la caja hasta el muro de la izquierda, sube y llama a Yorda para que haga lo mismo. Llévala ante los tótems y ve por esta puerta.
Baja por la rampa y sigue el curso del agua hasta hallar una escalera. Súbela y avanza por la pasarela. En el tramo roto, salta primero y tiéndele la mano a la chica. Sigue todo recto hasta llegar a un elevador, el cual te llevará frente a un banco de guardado.