Secretos
ICO cuenta con unos pocos secretillos que pueden pasar desapercibidos para aquellos que jueguen una única partida sin guía alguna.
Armas secretas
En la zona de la cascada se puede conseguir un arma secreta, que será el garrote con pinchos (partida normal) o la espada luminosa (partida nueva+), dependiendo de si es tu primera o segunda vuelta al juego.
El método para conseguirlo es el siguiente:
Golpea el árbol que hay junto a la palanca y caerá una pelota. Coge la pelota, ve por la puerta que has abierto con la palanca y fíjate en la pared entre las dos escaleras. El muro de en medio es de un color distinto y se puede empujar con 
para revelar una habitación secreta.
Dentro, tienes dos formas de proceder. Puedes ir por lo legal, trayendo a Yorda para que active la plataforma circular y luego encestando la pelota. O, por lo contrario, situar la pelota en el centro del lugar donde saldrá la cesta y activar la plataforma circular a posteriori. Ten cuidado si lo haces así, pues hay riesgo de que el juego se glitchee y la pelota desaparezca (en ese caso, tendrás que cargar partida).
Si lo prefieres, puedes verlo en vídeo: Método legal | Método tramposillo
Partida Nueva+
Al terminar la aventura por primera vez, el juego te ofrecerá la opción de guardar partida. Acepta y carga este mismo archivo para poder hacer una Partida Nueva+. Esta segunda vuelta cuenta con varias particularidades: los diálogos de Yorda aparecen traducidos, podrás conseguir la espada luminosa (ver punto anterior) y ver el final secreto. También desbloquea funciones extra en el menú de opciones, como los filtros de imagen o la posibilidad de que un segundo jugador mueva a la chica.
Para ver el final secreto, tienes que coger una sandía de las que hay tras la roca en la escena de la playa y llevársela a Yorda.
NOTA: La versión original norteamericana lanzada para PlayStation 2 es la única que no incluye ninguno de los extras de la Partida Nueva+.